土壤中存在着大量的微生物，每克土中含有几亿甚至几十亿个微生物。

微生物菌肥可以通过有益微生物的大量繁殖，抢占有害微生物的生存空间，产生拮抗有害微生物的作用，同时促进土壤中养分的转化，提高土壤养分的有效性，改善作物营养条件，增加土壤肥力。

微生物菌肥的作用

改善土壤养分供应状况:微生物菌肥主要通过有益微生物菌群的生命活动，促进土壤中难溶性养分的溶解、释放。菌肥在代谢过程中释放出大量的无机有机酸性物质，促进土壤中微量元素的释放及螯合，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，使被土壤固定的无效肥料转化成有效肥料，改善了土壤中养分的供应情况、通气状况及疏松程度。

促进作物生长:促进了活性物质的产生，调节作物的生长和发育。微生物菌肥的使用，可以促进赤霉素、吲哚乙酸等植物生长调节剂和其他活性物质的产生。

增强作物抗病抗逆能力：菌肥中部分菌种具有分泌抗菌素和多种活性酶的功能，抑制或杀死致病真菌和细菌；大量的田间试验证明，菌肥的应用可以降低病虫害发生率及增强作物的抗逆性能。

改善作物品质：使用微生物肥料可以提高农产品中的维生素C、氨基酸和糖分的含量，有效降低硝酸盐含量，使生产出来的农产品好吃又好看，卖个好价钱。