微生物肥料是活体肥料，它的作用主要靠它含有大量的有益微生物活体生命活动来完成。只有当这些有益微生物进入旺盛的繁殖和新陈代谢情况下，物质转换和代谢产物才能不断形成，因此微生物肥料中有微生物的种类，生命活动是否旺盛是具有效性的基础，而不像其他肥料 适于氮、磷、钾主要元素形式和含量多少为基础。正因为微生物非常是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度，水分，酸碱度，营养条件及原生物的在土壤中的排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。微生物还有一些其他肥料没有的特殊作用，能提高化肥利用率，环保绿色食品生产，随着化肥大量使用和利用率不断降低，也是众所周知的事实。微生物肥料在解决这方面上有多大的作用，能改良土壤，减少污染。能提高农产品质量和产量，随着人民生活水平不断提高，尤其是人们对生活质量提高的要求，绿色农产品生产，生态农业引起消费者高度关注。生产安全、无公害的绿色食品，过程中，要求不用化学肥料，化学农药和其他化学物质生产。而生物肥料具有替代性，微生物能改良土壤，提高有机质，能净化土壤作用，能减少土壤板结，平衡土壤酸碱度，从而提高土壤肥力。生物菌肥可以与农家有机肥混合使用，也可以与化学肥料混合使用。在使用上要仔细阅读说明书，按说明书指导意见正确使用，不能凭着自己的经验去使用。因为有些微生物肥料呈酸性，有些为微生物肥料呈碱性，不同属性生物肥不能混合使用。