土壤微生物是土壤中细菌[细菌（学名：Bacteria）是生物的主要类群之一，属于细菌域。]、真菌[真菌，是一种真核生物。]、放线菌[放线菌，是一类主要呈菌丝状生长和以孢子繁殖的陆生性较强大的原核生物。]和藻类的总称。土壤中一般以细菌数量最多，占总数的70%-90%，有益的细菌有固氮菌、硝化细菌[硝化细菌 ( Nitrifying bacteria ) 是一类好氧性细菌，包括**酸菌和硝酸菌。]和腐生细菌，有害的则有反硝化细菌。放线菌也属于细菌（原核生物，但有与真菌类似的菌丝和孢子），土壤中的数量仅次于细菌，放线菌能够分解动植物的残体，由蛋白质分解氨，使土壤中的有机质增加，提高土壤肥力，但对其他微生物生长有抑制作用（拮抗），由放线菌产生的抗菌素很多制作成农业杀菌剂。真菌类微生物就比较多了，植物上的很多病害都属于土传病害（根腐病、猝倒病、立枯病、晚疫病、灰霉病等等），真菌喜酸性，分解能力强，能分解一般微生物分解不了的纤维素、木质素等物质，目前微生物肥料中运用比较成熟的真菌菌株应该是菌根真菌，是一种与植物营养根共生的一种真菌，主要有外生菌根（菌套菌根）、内生菌根和内外生菌根，生长在作物根系周围。藻类具有光合色素，能够通过光合作用提高土壤有机质。