有机肥与微生物菌肥在农业生产和土壤改良中都扮演着重要的角色，但它们之间存在明显的区别。下面将详细探讨这两种肥料的不同之处。

首先，成分不同。有机肥主要由动植物残体、粪便、生活垃圾等有机物质经过一定的生物和化学转化而成。主要成分是有机质、氮、磷、钾等多种营养元素，以及多种微量元素、氨基酸等物质，能够为作物提供全面的营养。而微生物菌肥主要成分是微生物菌，这些微生物通过分解有机物质、固定空气中的氮素等方式，增加土壤中的养分含量。

其次，作用机理不同，有机肥能提供养分和改良土壤结构来发挥作用。它能增加土壤有机质含量，改善土壤团粒结构，提高土壤保水保肥能力。而微生物菌肥则主要通过有益微生物菌的生命活动，产生大量的微生物抑制土壤中病菌的繁殖，改善土壤环境，促进作物生长。还能产生大量的生物活性物质，如植物生长激素、抗生素等，促进作物根系发育，提高作物抗病性，实现生物防治病虫害的效果。

第三，施用方法不同，有机肥一般作为基肥施用，可以在播种前或移栽前将肥料均匀撒施在土壤表面，然后深耕翻埋。而微生物菌肥既可以作为基肥使用，也可以作为追肥使用，还可以作为种肥和叶面肥施用。

第四，效果不同。有机肥养分全，肥效较慢，需要较长时间才能充分发挥作用。而微生物菌肥的肥效较快，能够在短时间内改善土壤环境，促进作物生长。此外，微生物菌肥还具有生物防治病虫害的优点，可以减少化学农药的使用量，降低农产品中的农药残留。

在实际应用中，有机肥与微生物菌肥可以结合使用，以充分发挥它们的优点。例如，在播种前，可以先施用一层有机肥作为基肥，为作物提供全面的营养和改良土壤结构。然后，在作物生长过程中，适时追施微生物菌肥，以促进作物生长和提高抗病性。

总之，有机肥与微生物菌肥虽然都是农业生产和土壤改良中的重要肥料，但它们在成分、来源、作用机理、施用方法和效果等方面都存在明显的区别。在实际应用中，应根据具体情况选择合适的肥料类型和使用方法，以达到最佳的农业生产效果。